Le précédent du Traité de Tordesillas était le Traité d'Alcaçovas, signé en 1479 entre les couronnes castillanne et portugaise. Dans ce traité on n'a pas seulement mis fin à la guerre de succession provoquée après la morte du roi Henri IV pour le trône castillan entre Isabelle la Catholique et Jeanne la beltraneja, mais en plus on se répartait les droits de navigation et la conquête de l'Océan Atlantique. D'après ce traité, le royaume de Castille, ainsi que les îles Canaries, seraient pour Isabelle et Ferdinand, tandis que Madère, Porto Saintto, les Açores et les îles du Cap-Vert, ainsi que le droit de conquête du royaume de Fez et le droit de navigation au sud du parallèle des Canaries, seraient pour le Portugal.
Divers incidents ont mis en danger continuellement la paix obtenu à Alcaçobas. Les problèmes se sont intensifiés quand Jean II du Portugal, après recevoir Christophe Colomb à Valparaíso, en 1493, au retour victorieux de son premier voyage, lui a averti que si la terre qu'il vient de découvrir était au sud du parallèle des îles Canaries, elle appartenait, selon ce qui était stipulé dans le Traité d'Alcaçobas, au Portugal.
Le conflit avait éclaté entre les deux piussances. Les portugais ont cherché que le parallèle des Canaries serve comme limite aux conquêtes des deux royaumes. Les Rois Catholiques ont repoussé cette prétention et ils ont essayé de réussir à que Jean II garde l'Afrique et qu'il laisse pour les castillans les nouvelles territoires découverts. Cette tentative des Rois Catholiques s'est matérialisée dans la promulgation par le Pape Alexandre VI de trois bulles en 1493: la bulle I Inter Caeteras a établit que toute la terre découverte par Colomb et celle qui soit découverte plus tard serait pour la Castille; dans la II Inter Caeteras on a modifié le sens de la première et on a fixé une ligne à 100 lieues à l'ouest des Açores et Cap-Vert qui a définit le domaine maritime et terrestre de la Castille; dans la troisième bulle, Eximiae devotiones, on n'a pas du tout parlé de la deuxième et on a ratifié ce que c'est marqué dans la première, en augmentant les domaines assignés aux Castillens.
La fermeté de Jean II en rejetant ces solutions, ainsi que le désir sincère des deux royaumes de ne pas réinitier une nouvelle guerre, unie à l'incertitude des Rois Catholiques face aux secrets de l'Océan et la menace de Charles VIII de France contre le pape, ont motivé une longue série de contacts et négociations qui ont été matérialisées en 1494 à Tordesillas.